柯南一到，哥美拉电影剧组就发生了命案，还是一死一伤的大案子，这让接到报警后赶到现场的目暮不由的皱了皱眉。
“柯南，你怎么又跑出来了？明知道你出来会给大家带来麻烦，你就不能安安心心的待在家里吗？”以前多次解释过了，但目暮警官不相信自己，柯南也只能无奈的放弃，然后专心的调查起案子来。在柯南认真查案的时候，出去了一趟的江城北，也装模作样的回来了，然后装作惊讶的听完了灰原哀和帝丹三傻对刚才发生过事情的描述。
以前为了让凶手动手杀自己，江城北是以一个目击者的身份出现的，但最近觉得这样不保险，万一遇到的是善良的凶手，不忍心杀人灭口，那岂不是白目睹凶手杀人了？
于是最近这两个案子，江城北先找到了凶手要杀的目标，然后从怪盗基德的易容术里开发出来的查克拉易容变装术，一秒变身，伪装成目标替受害者先试了试凶手的刀锋利不锋利。
所以这次江城北先迷晕了龟井修，然后化妆成他的样子，代替他去和凶手松井秀豪见面，最先承受他对自己的刺杀行动。
之后从松井秀豪这里收获到自己想要的东西后，他就跑了出去，带他来到了龟井修被迷晕的房间。当然，为了不让松井秀豪产生怀疑，被迷晕倒在地上的龟井修身体，从后面追着的松井秀豪角度是看不到的。
他只能看到前面慌不择路逃跑的“龟井修”在回头看自己时，一不小心就撞到了墙上，然后跟跄了一下，最后倒了下去，看不到身影了。
等松井秀豪追到江城北原本的位置时，地上只躺了一个被迷晕的龟井修，而变成小肥啾的江城北则在不远处的角落里看着松井秀豪的行动。
之前松井秀豪已经动手了一次，只不过没杀成而已，而且现在的情况和原本有了不少的出入，继续下去的话可能会留下不少破绽。
要是追求完美的人也许会收手了，但江城北注视下的松井秀豪，不远处还有一个柯南在的情况下，松井秀豪根本没收手，不带犹豫的出刀捅死了倒在地上的龟井修。
接下来就是他逃下了楼，脱下哥美拉皮套后，在一楼外面的空地上浇上汽油，一把火把皮套烧了。然后返回遇到柯南他们的那个地方，换了一身干净的衣服，毕竟他穿着哥美拉皮套跑了这么长一段路，衣服都湿了。
最后，松井秀豪给自己腿上来了一刀，乖乖的坐在那里等柯南他们带着警察来。
既然松井秀豪在一次动手失败后，第二次还是动手把人杀了，于是江城北在假装问了一下柯南找到的线索和证据后，就站出来把松井秀豪抓了，并证明了他就是凶手。
看着江城北急急忙忙的把案子给破了，柯南却有些疑点始终无法解答，所以继续调查和苦苦思索。柯南始终搞不清的疑点有：在监视画面里的龟井修看起来明明很厉害，一下子就躲过了松井秀豪的偷袭，但最后为什么他这么容易的就被杀了。
还有，从走廊跑到楼梯间时，为什么在往上的楼梯上有一串哥美拉的绿油漆脚印。
以及，道具师发火了，脾气暴躁的他骂了一通为什么有人拿了一桶绿油漆放在摄影棚，太没有职业道德了。
而绿油漆放的地方，正是之前哥美拉偷袭龟井修的地方，但凡不小心一点，从这里走过的人就会一脚踩到打开盖子的绿油漆罐。
这些是好像和这个案子貌似无关，但柯南总觉的不对的地方，不过在江城北指出伤口的形状看起来很像是自残而不是别人刺的，以及在松井秀豪的背包里找到了被汗打湿了，而且上面还有橘子水印记的背心，以及在松井秀豪旁边的刀剑道具箱里找到了刺伤松井秀豪的匕首，等等，在这些证据下，松井秀豪最终承认了自己就是凶手。
哥美拉杀人的案子顺利解决了，但当天晚上就发生了极为恐怖的怪物降临事件。
在夜深人静的晚上，在百里基地、新田原基地、千岁基地，等等空军基地，先后出现了一头高100多米，体重大概10万多吨，一脚下去就能踩碎对他来说玩具大小的f15，一尾巴过去就能扫毁一大排各自军机，以及稍微推一下就能推倒摩天大楼，喷一口就能让大地陷入火海的大怪物。
这头破坏力极强，一晚上先后毁灭了好几个相距几百里的空军基地，尤其对住在空军基地里的飞行员和地勤造成了团灭，是损失最大的一部分，毕竟飞机毁了可以重新造，房屋塌了可以重新修，但人死了是真的死了，没法让他们活过来。
几个空军基地先后突然出现一头长得和电影的哥美拉很像的怪物，把整个空军基地掀翻，引爆了弹药库和油库，死伤一大片，几乎死的干干净净之后，不仅霓虹政府，整个世界都震惊了，知道这个消息的人都大呼外星人入侵，人类遇到生死存亡的时刻了！
唯一让大家感到比较庆幸的是，在这个空军基地一天之内遭了灭顶之灾后，几乎全部国家进入一级战备，准备和这突然出现，毁灭一切后又突然消失的超级怪物背水一战，生死相搏的时候，接下来几天全世界都非常安静，像这样的怪物一头再也没有出现。
要不是这几个空军基地真的毁了，培养了几十年的现役飞行员